Cinci ani după evenimentele petrecute în prima serie, Ben Tennyson, în vârstă de 15 ani, s-a întors la normal, la o viață obișnuită. Terminând cu aventurile sale, Ben și-a scos Omnitrixul și a crescut de la un băiat mic într-un adolescent pe care te poți baza.

Însă o nouă amenințare se apropie rapid de Pământ. O rasă de extratereștri parazită, Hibrizii, au ajuns în mod secret pe Pământ, cu intenția de a distruge omenirea. Max, bunicul lui Ben, fiind un membru al organizației Instalatorilor, deja a pornit în călătoria de a încerca să-i oprească, dar de-atunci n-a mai fost văzut. Ben nu are de ales și trebuie să folosească încă o dată Omnitrixul. Omnitrixul s-a contopit din nou cu corpul adolescentului, rezultând noi forme, funcții și extratereștri în care se poate transforma.

Ben nu este singur. Verișoara lui, Gwen, i se alătură și ea, având puteri magice care au crescut semnificativ pe parcursul anilor. De asemenea, lui Ben i se alătură și rivalul său, Kevin Levin, care și-a petrecut timpul în vidul nul. Pe parcursul seriei, Ben, Gwen și Kevin izgonesc Hibrizii, se luptă cu inamici vechi și noi.